OmniScape™ 2025

トップダウン MS データの整理と分析は困難な場合があります。それ故に、プロテオフォームレベルの分析ではなく、ボトムアップ分析が好まれることがよくあります。しかし、インタクトレベルでのタンパク質の特徴付けにより、生物学を理解するための独自の視点を得ることができます。 

OmniScape™ は、典型的なボトルネックに対処することで、データ処理の課題を軽減し、トップダウン分析を主流にすることを目指しています。 

・トップダウンスペクトルは、多価のイオン種が広範囲に存在し、ピーク密度が高いため、多くの場合複雑になります。OmniScape™ は、OmniWave™ アルゴリズムを使用してこの問題に対処し、ユーザーが高品質のピークリストを作成できるようにします。

・科学者は、未知物質の特定から組換えタンパク質の配列検証まで、幅広い分析上の問題に直面する可能性があります。OmniScape™ は、相同性検索とテンプレート配列に基づく配列マッピングを組み合わせた de novo 解析をサポートし、これらの複数の要件に対応します。

・個々のピークを手動でバリデーションするのは面倒で、非常に時間がかかります。OmniScape™は、一致の品質を迅速に検証するための広範なサポートにより、高質量精度装置のユーザーの分析を加速します。 

多くの場合、単一の分析メソッドでは、複雑なプロテオフォームのランドスケープを含む完全なタンパク質の複雑さを捉えるには不十分です。OmniScape™ は柔軟性を重視して設計されており、ユーザーはほとんどの ESI または MALDI 装置からデータをインポートしたり、複数のフラグメンテーションモードを使用して実験を組み合わせたりすることができます。

ユーザーは、必要なタンパク質特性評価のレベルに応じて、de novo タンパク質同定または PTM およびその他のプロテオフォームによる配列検証の 2 つの操作モードにアクセスできます。

De novo 解析
ここでは、ソフトウェアは、相同性ベースの検索用にすでにフォーマットされている配列タグを計算するための合理化された手順 (OmniWave™) を提供します。ピーク検証とタグ生成が高速化されるため、手作業にかかる時間を節約できます。 

配列検証
事前の知見または相同性検索結果からテンプレート配列が利用可能になると、OmniScape™ を使用してvariableな修飾を含む配列に対するデータを簡単に評価できます。同定結果を比較して最も可能性の高いプロテオフォーム候補を決定できるため、結果の比較や追跡が容易になります。

結果の組み合わせ
最後に、1つのスペクトルでは配列全体を説明するのに不十分な場合は、複数の結果を簡単に結合して解析範囲を拡大し、包括的にアノテーションが付けられた信頼性の高い同定結果を取得できます。

MALDI トップダウン配列解析は、一次配列と末端修飾を含む精製タンパク質を同定するための非常に高速で (データ取得 1 秒未満) 効率的な方法です。このメソッドでは、一価のフラグメントイオンの長いシリーズが生成され、ほぼ瞬時の測定が可能になります。これまでの研究では、このアプローチにより 31 kDa までの分子の包括的な配列カバレッジが実現されることが示されています。

OmniWave™ 手順は、MALDI-TDS でのピーク検出を自動化し、SN 比が低いフラグメントでもモノアイソトピック質量を自動的に抽出します。

次に、ソフトウェアは、測定されたピークを説明する可能性のある配列タグを新たに計算します。これらのタグは、相同性検索用に自動的にフォーマットされ、推定同定が行われます。

検証ワークフローを使用すると、特定されたタンパク質に関連する一次配列と変更をデータに対してテストし、配列カバレッジを改善して、サンプルに含まれるプロテオフォームを評価できます。