从头测序分析
结果轻松验证
分析 Top-Down 质谱数据具有一定的挑战,因此, Bottom-Up 方法相较于直接在蛋白水平进行分析更加普遍。然而,在完整蛋白水平表征蛋白质可以提供理解生物学独一无二的视角。
OmniScape™ 致力于解决 Top-Down 典型的难题来减少数据处理过程中的挑战,帮助 Top-Down 分析方法成为蛋白质分析方法的主流:
用户可以根据所需蛋白质表征水平选择两种不同的分析操作流程—蛋白质从头测序鉴定或者 PTMs 和其他蛋白变体序列确认。
从头测序分析
OmniScape ™提供简化分析流程 ( OmniWave™ ) 计算序列标签进行基于同源性的检索,快速的谱峰验证和生成的序列标签可以节省数小时的人工操作时间。
序列验证
当已知序列可用时,无论是谱峰匹配还是同源蛋白检索,OmniScape™ 都可以根据包括动态修饰的序列信息轻松评估数据,比较鉴定结果确定最有可能的候选蛋白,从而可以直接比较和追踪结果。
结果组合
最后,当单次谱图不足以解释序列信息时,可以很容易地合并多个结果,提高序列覆盖程度,获得高置信度的综合注释鉴定。
MALDI Top-Down 测序是一种快速高效 ( 采集时间少于 1 秒 ) 的分析方式,可用于鉴定包括一级序列和末端修饰的纯化蛋白。该方法在一瞬间完成测量,得到一系列单电荷碎片离子。先前的研究表明这种方法可为高达 30 kDa 分子提供全面的序列覆盖。
OmniWave™ 算法可在 MALDI-TDS 谱图中自动寻找谱峰并自动提取谱峰单同位素质量,即使是低信噪比碎片峰也是如此。
该软件通过计算从头测序可能的序列标签来解释所测试到的谱峰,然后序列标签会用于同源蛋白检索来得到推测的结果。
通过序列确认分析流程,可以根据数据结果测试得到与鉴定蛋白相关的一级序列和修饰信息,提高序列覆盖率和评估样品中的蛋白质变体。
“ OmniScape™ 解决方案满足了我们在生物技术行业生产重组蛋白的真正需求。”
“ OmniScape™ 直观的控制功能,可以更快更容易获得 Top-down 谱图碎片的注释和验证。我喜欢将鼠标悬停在谱图上,很容易就可以匹配验证碎片。
我兴奋于从头测序 de novo 功能,它将帮助我们在非靶向 Top-down 蛋白质组学研究中发现和注释蛋白质。
OmniScape™ 最令人印象深刻的功能是其基于不同的动态修饰类型自动匹配给出蛋白质变体结果。”
*仅供研究使用,不能用于临床诊断程序。