Un beneficio clave de micro-XRF son los requisitos mínimos para la preparación de muestras. No obstante, se debe definir un plano analítico para las mediciones. Muchas muestras no son absolutamente planas, ni pueden ser alteradas (por ejemplo, objetos históricos importantes en un museo). Para el análisis cualitativo (por ejemplo, mapas o escaneos de línea) de muestras con topografía, partes de la superficie estarán fuera del plano focal. El sistema de gestión de apertura (AMS) tiene como objetivo aumentar la profundidad de campo. Al igual que en las imágenes ópticas, pero por razones muy diferentes, una apertura delante de la lente aumenta la profundidad de campo. Con ello, incluso para muestras con alta topografía, la mayoría de las estructuras permanecen enfocadas, es decir, dentro del plano focal.