Ein wesentlicher Vorteil der Mikro-RFA sind die minimalen Anforderungen an die Probenvorbereitung. Dennoch muss eine Untersuchungsebene für die Messungen definiert werden. Viele Proben sind nicht perfekt planar und können auch nicht verändert werden (z. B. wichtige historische Museumsstücke). Bei der qualitativen Analyse (z. B. Mappings oder Linenprofile) von topografischen Proben werden Teile der Oberfläche außerhalb der Fokusebene liegen. Das Blendenmanagement AMS dient der Erhöhung der Schärfentiefe. Genau wie bei der optischen Bildgebung - aber aus ganz anderen Gründen - erhöht eine Blende vor der Linse die Schärfentiefe. Damit bleiben auch bei Proben mit hoher Topografie die meisten Strukturen scharf, d. h. innerhalb der Fokusebene.