Las propiedades de un semiconductor están determinadas por su estructura a nivel atómico, por ejemplo por defectos puntuales. Usando la asignación EDS en la resolución más alta posible es posible localizar y caracterizar tales defectos.
Este ejemplo de aplicación examina los datos proporcionados y publicados amablemente por M. W. Chu (M. W. Chu et. al., Phys. Rev. Lett. 104, 196101 (2010)). Investigado era una estructura multicapa que consistía en capas alternas de InGaAs e InAlAs. Utilizando sólo 3 ms de tiempo de permanencia (13 s de tiempo total de medición) y 33 pA de corriente de haz, fue posible determinar una variación de composición En en una columna atómica de la estructura InGaAs. La ausencia de In se puede ver por el color azul que falta en la esquina inferior derecha del mapa En. También causa la columna InGa inferior en el perfil de línea HAAD mostrado.