食品真实性
尤其是在欧盟内，具有“受保护原产地名称”的产品（PDO：指定原产地产品）可以说不胜枚举，如马苏里拉这样的特定奶酪品牌、杏仁糖、葡萄酒、啤酒、香肠和鱼等等。这些品牌都在寻求各种方法，以保护其独有的PDO。如果这些来自不同地区的产品是众所周知的且受到明确规定的，以及其具有特定的标志物，那么可以使用靶向质谱法来对其进行分析。对于那些刚获得PDO认证的新产品或地区，则需采用另一种名为 "未知物和非靶向筛查"的方法——布鲁克质谱产品可实现这两种工作流程。
全自动高分辨1H-NMR波谱结合了多元统计化学计量学，可为食品真实性控制以及品牌保护提供独一无二的 "一体化 "分析检测。
NMR同样分为靶向和非靶向。该技术能同时观测食品中的数百种成分。且得益于高再现性，其可获得所谓的样品 “指纹图谱 “，从而实现对特定标志物的靶向量化分析。对于外加剂的非靶向检测以及原产地确认而言，其还能获得基于统计学的指纹图谱。仅需一次实验便能获得以上所有信息。
掺假筛选
为了维护品牌声誉及产品质量，人们对食品生产中使用的原材料和成分的鉴定越发重视起来。除了传统质量参数以外，掺杂物的检测在确保食品安全和质量方面都起着至关重要的作用。目前，美国药典（USP）食品欺诈数据库记录了数百起出于盈利动机的食物掺假（EMA）、替代、造假或错误标记等事件（如葡萄酒、奶酪、橄榄油和奶粉），以及一些知名掺杂物，如三聚氰胺。
傅立叶变换近红外（FT-NIR）光谱是一种独具价值的工具——其具有高性价比且非常容易上手，可用于筛查几乎所有种类的原材料。NIR光谱具有丰富的信息，可提供完整样品的指纹图谱。将进厂原材料的光谱与那些从已知质量样品上所测得的光谱进行比对，可在检测极限内实现对掺杂物或污染物的非靶向筛查。如果一种材料在FT-NIR检测下呈阳性，那么可使用如NMR或MS这样的互补分析方法进行进一步研究，以确定掺杂物的确切身份。
NMR测量的波谱包含了数百个信号，反映了被测食品的指纹图谱。它可实现对特定标志物成分进行靶向量化，还能对掺杂物进行非靶向检测，得到基于统计学的指纹图谱——需得到上述信息，仅需运行一次实验。以蜂蜜为例，为了验证蜂蜜中糖浆的存在（如存在，则被认为是一种掺假），需对多达60种标志物进行靶向分析。
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