En muchos casos, es ventajoso procesar más los mapas de elementos para obtener una imagen más clara de la muestra. Esto se demuestra con un mapa cuantitativo de una muestra de varias capas. La primera imagen de la galería muestra el mapa cuantitativo de elementos mixtos de la muestra. El mapa tiene una apariencia bastante "ruidosa". Se definieron tres áreas que contenían partes representativas de la región de interés, dos rectángulos grandes y un área circular más pequeña para probar el procedimiento.
La fase automática se puede iniciar en el modo "Objetos". Puede utilizar las regiones definidas como referencia en un análisis de componentes principales para buscar regiones compuestas de forma similar en el mapa y asignarlas a fases. El resultado se muestra en la segunda imagen de la galería. Se pueden distinguir y ubicar dos fases que difieren en el contenido de Zn y Cd. La conatimanción de carbono causada en la superficie de la muestra por escaneos de línea y análisis de puntos se ha asignado a una tercera fase por este procedimiento. El área gris a la izquierda, fuera de la región de interés, es "Sin asignar" y compuesta de manera diferente en comparación con las otras fases. La fase de la derecha aparentemente también contiene carbono.