Da Röntgenstrahlen Materie durchdringen können, ermöglicht die RFA (XRF) im Allgemeinen die Bestimmung von Schichtdicken. Micro-XRF ermöglicht die Schichtanalyse (Dicke und Zusammensetzung) mit räumlicher Auflösung im Mikrometerbereich. Die Schichtanalyse basiert stark auf der elementaren Fundamentalparameter-Quantifizierung und kann durch die Verwendung von Standardproben verbessert werden. So können "gängige" Schichtsysteme, wie ENEPIG-Schichten, ZnNi-Schichten oder Lotschichten, gegen leicht verfügbare Standards mit hoher Genauigkeit gemessen werden, aber auch neuartige Schichtsysteme in einer F&E-Umgebung können getestet werden.