TopSpin Python操作界面

Python是科研界最流行的编程语言。Python软件包索引(PyPI)是第三方Python软件的官方存储库,包含超过29万个具有广泛功能的软件包。

Jython解释器(基于Python 2.7)作为脚本和应用程序开发的标准组件已经成为TopSpin的一部分,已有20年的历史。Jython脚本是在运行TopSpin用户界面的同一个Java虚拟机中执行的。这提供了许多可能性,但同时也有一些限制。

为什么不把TopSpin——处理核磁共振谱图的标准软件,与Python 3脚本结合起来,利用所有可用软件包的力量呢?

TopSpin全新的Python应用编程接口允许用户从任何Python 3.9以上的环境中访问TopSpin,它是成熟的TopSpin Jython解释器的替代品,但并不取代它。

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新特点

  • 高级数据分析
  • 数据挖掘
  • 生成可发表的高质量图像

以下功能均已上线:

  • 读/写参数
  • 读取数据向量、峰值列表、积分区域…
  • 辅助功能,如NMR数据搜索,TopSpin中的数据集显示…
  • 执行任何TopSpin命令


数据访问目前只限于1D和2D波谱。用户可以读取整个数据向量,或选定的部分,如“ser”文件中的个别行,或2D谱图的某几列。

在Python编程接口的开发过程中,特别强调了对用户的友好性,即尽可能使用大家熟悉的编程语言。例如,处理参数或向TopSpin发送命令使用与在TopSpin命令行中输入相同的语言。用于数据访问的接口对于Python和Jython是相同的,因此代码可以在不同的使用情况下共享。

可用性

Topspin 4.1.3 for Windows和Linux包括Python 3.9环境,并且预装了布鲁克Python软件包,也可以使用文档和样本脚本。

所需的License是针对学术用户的免费TopSpin License的一部分。

对于工业客户,可按需提供免费的评估License。

图1:TopSpin作为一种服务。Python 3解释器是一个独立的应用程序。因此,连接Python应用程序和TopSpin最简单的方法是使用网络。布鲁克已经应用了Python 3安装包,连接到TopSpin的嵌入式网络服务。通过这种方式,用户可以从Python脚本中读取NMR数据,或执行TopSpin命令。

 

 

图2:吡啶在80 MHz的核磁共振滴定。这是一个Python示例脚本的输出,用于评估用Fourier 80台式核磁共振波谱仪获得的滴定数据。该Python脚本使用TopSpin API读取数据,并计算滴定曲线和Kb的估计值。整个脚本(处理谱图,计算结果,并使用NumPy生成图像)大约有150行长。